肝癌的整体治疗结果远非令人满意，索拉非尼的使用受到副作用的阻碍，由于HCC的遗传异质性，一些患者最初对索拉非尼具有抗性，这导致研究以鉴定对索拉非尼的原发性抗性的预测性生物标志物。索拉非尼使用后的副作用有的时候影响到了患者的治疗效果，所以患者也应该注意一下副作用，做到早发现早处理。
索拉非尼常见的副作用：
报告给接受索拉非尼的患者的不良事件主要是胃肠道，体质或皮肤病，包括腹泻，体重减轻，手足皮肤反应，脱发，厌食和声音变化。在严重的情况下，它可能导致高血压，腹痛甚至停止治疗。
除了服用药物之后的副作用还有一点比较重要的就是用药之后的耐药性，HCC对索拉非尼耐药的机制是复杂的并且仍不清楚， HCC对索拉非尼的主要耐药性可能是由于遗传异质性。索拉非尼抑制几种激酶靶标，但它也可以同时或依次激活成瘾开关和补偿途径，如PI3K / Akt和JAK-STAT途径，肿瘤缺氧，EMT等，导致获得性耐药。
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