慢性HBV感染是一个动态过程，反映了HBV复制与宿主免疫应答之间的相互作用，并非所有慢性HBV感染均存在慢性肝炎。慢性HBV感染自然史简要分为5期，考虑的因素包括：HBeAg，HBV DNA，转氨酶(ALT)，肝脏炎症的存在或缺失。新命名主要基于慢性化的2个主要特点：感染vs肝炎。但是，尽管这种命名可以描述大多数患者，单次测定HBV复制标志物，以及疾病活动标志物，并不能允许立即将患者分入其中的一期。完整评估后，需要连续监测血清HBeAg，HBV DNA及ALT，一些患者可能分入不确定灰色区，需要个体化处置。

慢性HBV感染分期并非一定序贯分期：

1期：HBeAg-阳性慢性HBV感染，既往称之为“免疫耐受期”；特征是：血清HBeAg阳性，HBV DNA非常高，ALT持续在正常范围内（根据传统阈值，正常值上限[ULN]大约为40IU/mL）。肝脏轻微或者无炎症坏死，或者无纤维化，高度的HBV DNA整合和克隆肝细胞增殖，提示可能在感染的早期阶段，肝癌发生已经在进行了。此期更常见于围产期感染的人群，这与保持HBV特异性T细胞功能相关，此期可至年轻成人期。此期的HBeAg自发转阴率非常低。这些患者具有较高的传染性（因为存在较高的HBV DNA水平）。

2期：HBeAg-阳性慢性肝炎，特征是：血清中存在HBeAg，高水平HBV DNA，以及ALT升高。肝脏存在中等或者严重坏死炎症，加速进展至纤维化。此期可发生于第一期的几年之后，若为成人期感染，则此期更常见，和/或更快出现此期。此期结局变化性较大。多数患者可以获得HBeAg血清学转换，HBV DNA抑制，并且进入HBeAg-阴性感染期。其他不能控制HBV的患者，进展至HBeAg-阴性慢乙肝。

3期：HBeAg-阴性慢性HBV感染，既往称之为“非活动携带者”期，特征是：血清出现anti-HBe，HBV DNA不可测，或者较低(<2,000IU/ml)，ALT正常（根据传统阈值，ULN~40IU/L）。此期的一些患者，HBV DNA水平可能会>2,000IU/L(通常为<20,000IU/ml)，并伴ALT持续正常，仅有轻微的肝脏坏死性炎症，较低纤维化。如果一直维持此期，则这些患者具有较低进展至肝硬化或者HCC的风险，但是可以进展至慢性乙肝，通常为HBeAg-阴性患者。每年可出现HBsAg消失和/或血清学转换，转换率为1~3%/年。通常情况下，此类患者具有较低的HBsAg水平(<1,000IU/ml)。

4期：HBeAg-阴性慢性肝炎，特征是：血清中缺乏HBeAg，通常可检出anti-HBe，血清HBV DNA水平持续或者顿挫性中~高水平（通常低于HBeAg阳性患者），同时ALT顿挫或者持续升高。肝活检表明：坏死性炎症及纤维化。多数患者出现HBV突变，主要是C区和/或核心启动子区域突变，这妨碍或消除了HBeAg表达。此期与较低的自发疾病缓解率相关。

5期：HBsAg-阴性期，特征是：血清中HBsAg阴性，及anti-HBc阳性，伴或者不伴可检出anti-HBs。此期称之为“隐匿性HBV感染”。极少数病例，检测不出HBsAg，可能与采用检测试剂的敏感性相关。此期，ALT正常，通常情况下（但并非一直如此），HBV DNA不可测。通常情况下，可在肝脏内检出HBV DNA(cccDNA)。肝硬化出现之前，发生HBsAg消失，则与肝硬化、失代偿及HCC低风险相关，并且可以提高生存率。但是，如果HBsAg消失之前，已经发生肝硬化，则仍存在HCC的风险，因此，需要持续监测HCC。这些患者中，免疫抑制将导致HBV再激活。

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