尽管大家对游离循环DNA(cfDNA)分析的液滴-数字PCR技术(ddPCR)的兴趣正在迅速增长,但该技术受到二次取样误差和可从有限输入DNA中分析出的少数临床靶标的影响。在液体活检中,起始物质的缺乏起到了“玻璃天花板”的作用,因为无论分析敏感的ddPCR技术如何,检测限都不能超过DNA输入限制。最近,有研究使用具有确定突变的片段化基因组DNA(gDNA)应用变性增强的ddPCR(dddPCR)。然后,测试了来自志愿者和癌症患者的cfDNA的dddPCR,用于常用突变。在变性和数字PCR之前,分别进行了gDNA和cfDNA的末端修复和非末端修复试验。结果显示,ddPCR液滴形成前,双链DNA完全变性,阳性液滴数量增加。使用gDNA的dddPCR导致数据阳性液滴增加1.9-2.0倍,而应用于高度片段化cfDNA的dddPCR导致数据阳性液滴增加1.6-1.7倍。变性前cfDNA的末端修复使得cfDNA显示出1.9-2.0倍的数据阳性信号,类似于gDNA。总之该dddPCR法是ddPCR中一种简单而有用的修饰方法,可以从低输入的临床样本中提取更多信息,且方案变化较小。它应该适用于所有的突变检测和基因拷贝数分析的ddPCR平台和产前筛查。
原文题目:Denaturation-Enhanced Droplet Digital PCRfor Liquid Biopsies
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