奥拉帕尼的严重不良反应为急性髓系白血病。在一项单臂临床研究中，奥拉帕尼单独治疗有 gBRCAm基因突变的晚期乳腺癌患者，已经确认在298例患者中有6例(2%)出现MDS/AML；在另一项随机安慰对照试验中，136例晚期乳腺癌患者中有3例(2%)出现MDS/AML。在使用奥拉帕尼治疗的2618名患者中有22名(1%)出现MDS/AML，大多数病例(17/22)是致命的，使用该药治疗的患者可在0.52年的时间内继发MDS/AML。所有患者前期都使用过铂化疗剂或其他DNA损伤剂。
在使用奥拉帕尼治疗时，肺炎的发生率<1%，其中有死亡病例；如果在治疗过程中岀现如呼吸困难、发热、咳嗽、气喘或放射性异常时，需要中断奥拉帕尼治疗；如果确诊是肺炎，则应停用奥拉帕尼此外，常见的不良反应包括：贫血、胃肠功能紊乱、食欲降低、恶心、呕吐、腹泻、乏力、咳嗽、便秘、水肿、背部疼痛、头晕、头痛、尿路感染、呼吸困难以及皮疹，发生率为10%~20%。
除此之外还有一些非常少见的不良反应和实验室异常：血红蛋白减少、白血球减少、血小板减少、淋巴细胞减少、肌酐增高、口腔发炎、周围神经病变、发热、低镁症、血糖增高、焦虑、抑郁、失眠、排尿困难、尿失禁、皮肤干燥、湿疹、瘙痒、高血压以静脉血栓形成，发生率为1%~10%。
在使用奥拉帕尼治疗过程中因不良反应造成停药的比例极低，说明奥拉帕尼具有良好的安全性。
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